아마존 검은 강 신학교는 인디오 출신 목사와 선교사를 양성하는 것이 주 목적이다. 더불어 인디오 부족 복음화에서 지도자 양성 사역은 아주 중요하다. 특별히 이 사역은 지금까지 백인 선교사들에게만 의존하였던 전통을 깨고 백인 선교사들에 비해 언어나 문화 면에서 많은 장점을 갖고 있는 인디오 출신 선교사를 양성할 수 있어서 아주 효과적이다.

케이피 요하난은 그의 저서 "다가오는 세계 선교의 혁명" 에서 서양인 선교사와 자국인 선교사의 차이에 대하여 말한다 . 첫째, 서양 선교사를 파송하는 일은 재물을 관리하는 면에서 청지기 직분을 잘 수행하지 못하는 것이다. 둘째 , 서양 선교사들이 선교지에 와 있는 사실은 기독교가 서양의 종교라는 거부감만 심어줄 뿐이다. 셋째 , 서양 선교사들과 서양의 후원금은 현지 교회의 자주성과 성장을 저해하는 요소가 된다. 넷째, 서구 선교사들은 복음을 듣지 못한 사람들이 집중되어 있는 곳으로 갈 수 없다는 것이다 . 다섯째, 서구 선교사들은 사역의 능률을 올리지 못한다 (1990:170-175).

요하난의 이론에 전적으로 동의할 수는 없지만 그러나 자국인 선교사와 외국인 또는 백인 선교사가 가질 수 있는 차이는 그 거리가 대단함을 인정한다. 첫째 , 인디오 출신 선교사들은 많은 선교비가 없어도 사역이 가능하다. 왜냐하면 브라질 음식이나 물품에 의지하지 않으므로 선교비가 작게 든다. 둘째, 인디오 출신 선교사는 그들 부족들 문화를 잘 알므로 복음을 효율적으로 전할 수 있다 . 셋째, 선교비로 현지 교회들의 발전과 성장을 저해하지 않고 교회 부흥을 가능하게 할 수 있다. 넷째 , 인디오 출신 선교사들은 브라질 인디오 청으로부터 제재를 받지 않고 어디든지 갈 수 있고 부족들에게 잘 받아들여진다 . 다섯째, 인디오 출신 선교사는 언어와 문화의 장벽에 부딪힐 일이 없고 능률적인 사역이 가능하다.

현재 외국인 선교사가 인디오 선교를 위하여서 입국하고자 하면 브라질 입국 비자를 받지 못하므로 더 이상 수급되지 못하고 브라질 국내 선교사 후보들이 모두 외국의 선교사 후보로 몰리고 있는 상황에서 인디오 신학교 사역은 아마존 강 유역 선교 공백을 인디오 출신 선교사로 메울 수 있는 유일한 대안이다.

이렇게 볼 때 신학교 사역은 인디오 부족들 출신 교회 지도자를 양성하여 부족 교회들을 섬기게 하고 복음이 전해지지 않은 마을에 가서 교회를 개척하고 미전도 부족들에게 복음을 전할 수 있도록 하는 것이다.